合同當事人在合同中約定管轄法院時，應當遵循以下原則。1.當事人意思自治原則：當事人可以在合同中約定管轄法院，只要不違反法律法規的強制性規定。2.選擇權優先原則：如果合同中約定了不同的管轄法院，一般以約定優先。但如果不同約定之間存在沖突，應選擇上位法規定的法院管轄。3.級別管轄和地域管轄：根據民事訴訟法規定，案件應根據級別管轄和地域管轄確定管轄法院。級別管轄是根據案件的重要性和復雜程度確定不同級別法院管轄；地域管轄是根據合同履行地、被告住所地等因素確定。4.專屬管轄：對于一些特殊類型的案件，如知識產權案件、海事案件等，法律規定了專屬管轄，不能通過合同約定。