分居協議書可以去公證，分居協議只要內容真實合法，就是有效的，公證能夠加強其效力。公證程序：——申請與受理、協議當事人向公證機關提出辦理公證申請，填寫公證申請書，提供有關材料。公證機關要據當事人的申請作出是否接受辦理的決定。——審查、公證機關（公證員）對當事人進行詢問，審查相關材料，進行其他相關調查，審查公證對象的真實性、合法性。——出具公證文書、公證上機關根據審查結果，決定是否出具公證書。公證書包括以下內容、當事人基本情況、公證證詞、公證員簽名、公證機關（公證處）蓋章、出證日期。分居協議的注意問題。1、規定雙方的權利和義務。尤其要說明在分居期間，夫妻雙方不再有義務與其丈夫或妻子同居。2、協議中要說明子女有誰撫養，撫養費如何承擔以及探望權如何行使。