北京中醫藥大學生物工程就業前景較好，畢業生可以從事與生物醫藥相關的制藥、生物技術、生物醫學器械等領域的工作，也可以參與新藥研發、基因治療、生物制藥、醫療器械設計等工作。隨著生物技術和生物醫藥領域的快速發展，生物工程專業人才的需求逐漸增加，畢業生在制藥、生物醫藥、食品、環境保護等領域都能找到就業機會。