公司只是按確定的停工留薪期支付工資。根據《工傷保險條例》第三十三條規定，工傷職工停止工作，治療工傷期間，包括住院期間和出院后休養期間，稱為停工留薪期，按遭受事故傷害前正常上班期間工資福利待遇不變，由所在單位按月支付。工傷職工的停工留薪期憑職工就診的簽訂服務協議的醫療機構，或者簽訂服務協議的工傷康復機構出具的休養證明，由所在單位按當地勞動部門《工傷職工停工留薪期分類目錄》確定。停工留薪期超過12個月的，需經設區的市勞動能力鑒定委員會確認。設區的市勞動能力鑒定委員會確認的停工留薪期結論為最終結論。工傷職工停工留薪期的工資是按照批準的實際停止工作治療休養時間計算的，不是二次手術前都是停工留薪期，享有原工資照發待遇。停工留薪期一般不超過12個月。用人單位同意后，可以延長停工留薪期。