對于工傷認定的管轄權，目前大多數地方都是由企業法人營業執照、營業注冊地或企業繳納工傷保險費所在地的勞動行政部門負責。但也有個別地方由事故發生地的勞動行政部門負責，如重慶市。這些規定在實踐中便產生了企業法人注冊地和事故發生地勞動行政部門都對工傷申請不予認定的情況，而且均有當地制定的地方規章做依據。一方面是誰認定誰就將承擔訴訟風險；另一方面，事故地勞動行政部門如果認定為工傷，而企業工傷保險統籌是在企業注冊地，工傷保險待遇也將由統籌地的社會保險經辦機構支付，那么就會出現認定結果是否被當地勞動部門或社保經辦機構認可的問題。