發生了醫療事故爭議醫院的處理如下：第一，當發生或者發現醫療過失、醫療事故可能引起醫療爭議時，當事者立即向科室負責人報告，科室負責人在24小時之內向醫療服務監控辦公室或總值班匯報，接到報告后應立即進行調查、核實，并將有關情況向監控委員會主要負責人匯報，發生醫療事故的按規定向衛生行政部門報告，發生患者死亡或者可能為二級以上的醫療事故，導致三人以上人身損害的，應在12小時內向衛生行政部門匯報。第二，已發生或者發現醫療過失行為的，當事人在按規定程序上報同時，由科室或者院部組織最強技術力量，及時采取有效措施，避免或者減輕對患者身體健康的損害防止損害擴大。